发票作废的流程：
1、登录税务系统；
2、查询到要作废的凭证；
3、在“填制凭证”窗口中，执行“制单”|“作废／恢复”命令。
4、凭证的左上角显示“作废”字样，表示该凭证己作废。
5、需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。
法律依据：
《电子商务法》
第十四条
电子商务经营者销售商品或者提供服务应当依法出具纸质发票或者电子发票等购货凭证或者服务单据。电子发票与纸质发票具有同等法律效力。
《中华人民共和国发票管理办法》
第二十八条
开具发票的单位和个人应当在办理变更或者注销税务登记的同时，办理发票和发票领购簿的变更、缴销手续。
第二十九条
开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存5年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
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