1、耕地上建厂对土地损害严重，恢复困难。
农田租出去后，工厂建厂会产生大量污水、会直接渗入地下，对农田会造成永久损害。
大家的土地即便拿回来了，但是由于前期进行了非农业建设，对现有的耕地肥力、质量以及周边环境多少都产生了一些影响；作为农民，还要经过长时间的休耕，帮助土壤恢复肥力。
2、如果遇到政府严查会导致毁约，损失只能是农民自己承担。
很多通过以租代征方式取得农民土地的建设项目被紧急叫停，要求恢复耕地，损失往往是由出租土地的农民来承担。导致农民朋友哑巴吃黄连，有苦说不出。
3、租金给的少，租地不如种地收益高，容易产生纠纷，还不受法律保护。
这几年，农村种地的各项税种都取消了，农民耕地基本无负担；而且，为了鼓励农民耕好地，国家还发放耕地补贴；再加上农民自己种地的每年庄稼收成，其实际收益要远高于租出去。而当农民要求提高租金时，一般企业不会提高，甚至有些租金都难于要回。
4、假借签字私自征地，维权会很困难。
一些不良企业工厂与政府里的个别人员相互勾结，拿着农民同意租地的协议，谎称农民同意征地，并私自办下土地征用手续，这可能会成为失地农民，维权也无处说。
一、以租代征的具体表现有：
1、用地单位或个人直接与村委会签订协议租赁土地；
2、基层政府直接租赁农村集体土地；
3、基层政府转租农村集体土地；
4、基层政府作为土地租赁中介人促成租地行为；
5、村自行出租自己的承包地；
6、村委会租用农户的承包地搞非农建设。
总体来说，以租代征会直接损害到农民的切身利益，对于农民来讲，农田遭受损坏就会直接丧失主要的经济来源的，所以，不管当时用地单位给了自己多少的好处费，还希望本人能够把眼光放长远一些，不能只顾眼前利益而不顾农田损坏给自己带来的影响。
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