独立核算的分公司进行报税的程序：首分公司要先去银行开立一个扣税账户，然后去税所对该账户进行备案，只要分公司有在网上进行申报，税务机关就会到期在网上自动对分公司的应缴税务进行扣款。公司设立分公司的，应当自决定作出之日起30日内向分公司所在地的公司登记机关申请报税登记。
【本文关联的相关法律依据】
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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