法律分析：公司犯罪调查中，如果发生纠纷和争议，一般情况下应该通过协商来解决。协商的方式包括但不限于调解、和解、仲裁等，具体方式应根据当事人的意愿和具体情况而定。如果无法通过协商解决，当事人可以向有司法职权的机关提起诉讼。
法律依据：
1、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百六十七条规定：“当事人可以和解、调解，也可以选择向有司法职权的机关提起诉讼。”
2、《中华人民共和国仲裁法》第四条规定：“用人单位与劳动者之间的劳动争议，应当按照法律规定提交劳动争议仲裁委员会仲裁。”
3、《企业犯罪惩治法》第十四条规定：“企业犯罪案件的受害人、民事当事人有权要求企业承担侵权责任，也可以依法向人民法院提起民事诉讼。”
总之，对于公司犯罪调查中的纠纷和争议，当事人应选择合适的协商方式进行解决，如无法通过协商解决，可以向有司法职权的机关提起诉讼。
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