异地办理农村合作医疗报销的流程是：
1、在住院前或住院后3日内打新农合咨询电话对住院就医情况进行登记备案；
2、出院后必须在居住所在地由街道办事处或居委会出具一份居住证明，如果是在外务工，需有务工单位出具务工证明；
3、出院后持相关资料到参合所在地报销。
4、如果是长期异地居住，应提前办理异地居住手续，发生医疗费用时带住院结算单、费用清单到原参保地社保机构申请报销即可。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
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