可以开发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下三种情况：
1、公司设立的分公司如果是一般纳税人，就可以互相开具增值税专业发票。
2、如果分公司是小规模纳税人，只能给开具普通发票，而且总公司不能抵扣；也只能给开具普通发票，不存在抵扣问题。
3、但是小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%（自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收）的专用发票，但是对方公司只能3％的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。
如果觉得麻烦，也可以由总公司统一寄出发票。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国发票管理办法》第四十四条国务院税务主管部门可以根据有关行业特殊的经营方式和业务需求，会同国务院有关主管部门制定该行业的发票管理办法。国务院税务主管部门可以根据增值税专用发票管理的特殊需要，制定增值税专用发票的具体管理办法。
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