小规模纳税人发票作废流程：
1、查验发票：在发票作废前，需要先查验该发票是否有效，以确保需要作废的发票确实存在问题；
2、办理申请：需要持发票、身份证明等有效证件，在税务局网站或现场填写发票作废申请表，申请作废该发票；
3、签字确认：申请后，根据规定，在发票上签字确认该发票作废，并在相关文件上签字；
4、提交申请：将填写完毕的申请表及相关材料提交至当地税务局，并领取相关回执；
5、审核审核：税务局对发票作废申请进行审核，审核通过后将在系统中注销该发票；
6、领取相关证明：审核通过后，持回执到税务局领取发票作废的相关证明。
小规模纳税人发票作废后果：
1、影响账务处理：发票作废会导致原有的账务处理出现问题，可能需要进行调整和修正，增加企业的财务成本和工作量；
2、影响信誉度：发票作废可能被认为是企业管理不善、经营不规范的表现，会影响企业的信誉度和品牌形象，进而影响业务合作和客户满意度；
3、拖延时间和费用：发票作废需要提交相应的申请，并经过税务部门审核后方可生效，这个过程可能需要一定的时间和费用，对企业的正常运营造成一定的影响；
4、税务罚款：如果发票作废不符合相关规定或者存在违法行为，可能会被税务部门处以罚款或其他行政处罚。
综上所述，发票作废前需要先查验该发票是否有效，以确保需要作废的发票确实存在问题。
【法律依据】：
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条
开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
第二十七条
开具发票的单位和个人应当建立发票使用登记制度，设置发票登记簿，并定期向主管税务机关报告发票使用情况。
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