贝加尔湖周边地区属温带大陆性气候,温差大,1月平均气温-26℃~-33℃,7月平均气温17℃~21℃。
在冬季,贝加尔湖周边气温平均为-38℃,每年1月开始结冰,到5月之后才解冻,冰层大致在70~115厘米之间,贝加尔湖巨大的水体使其湖滨夏季气温比周围地区约低6℃,冬季约高11℃,具有海洋性效应,但位于西伯利亚的贝加尔湖冬季仍然十分寒冷,1月平均低温在-38℃,但是冰层下的水温仍然保持3.5℃~4.5℃之间。