自朱熹之后,白鹿洞书院"一时文风士习之盛济济焉,彬彬焉"它与岳麓书院一样,成为宋代传习理学的重要基地。
元代末年,白鹿洞书院被毁于战火。明代最早的一次维修为正统元年(1436),以后还有成化、弘治、嘉靖、万历年间的维修。进入清代,白鹿洞书院仍有多次维修,办学不断。19世纪末期,我国的政治、经济发生急剧的变化,出现了教育改革的热潮。
光绪二十四年(1898)年清帝下令变法,改书院为学堂。白鹿洞书院于光绪二十九年停办,洞田归南康府(今星子)中学堂管理。宣统二年(1910),白鹿洞书院改为江西高等林业学堂。国民党时期,蒋介石准备要南昌中正大学接管白鹿洞书院,但未实现。
新中国成立后,政府采取一系列措施对白鹿洞书院进行保护和维修。1959年列为江西省文物保护单位;1979年成立庐山白鹿洞文物管理所;1988年公布为全国重点文物保护单位和国家二级自然保护区,同年设置作为学术研究机构的白鹿洞书院建置;1990年成立庐山白鹿洞书院管理委员会。
现在,白鹿洞书院已形成集文物管理、教学、学术研究、旅游接待、林园建设五位一体的综合管理体制。