公司扣押离职员工工资不合法。双方在 解除或者终止劳动合同 时,用人单位应当一次性支付员工的工资,用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的,劳动者可以依法向当地人民法院申请发出支付令。
《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的,用人单位可以代扣劳动者工资:(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。