以下情况下会补缴个人所得税:
1、上年有收入但未预缴申报,需要在年终补税;
2、除工资薪金外,纳税人还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得,各项综合所得的收入加总后,导致适用综合所得年税率高于预扣率等;
3、上年预缴申报时,超额享受扣除的。
个人所得税需要补缴的,可以根据实际情况来补缴,比如员工的工资少申报了,需要补缴,可以由企业更正申报个人所得税。如果是汇算清缴时,计算的个人所得税比实际的已经缴纳的税额要多,形成需要补缴的金额的,个人可以通过自然人申报管理系统进行补缴。
法律依据:《中华人民共和国个人所得税法》 第八条
有下列情形之一的,税务机关有权按照合理方法进行纳税调整:
(一)个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额,且无正当理由;
(二)居民个人控制的,或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家(地区)的企业,无合理经营需要,对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配;
(三)个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。税务机关依照前款规定作出纳税调整,需要补征税款的,应当补征税款,并依法加收利息。