新生儿防疫，主要是接种卡介苗和乙肝疫苗。
宝宝出生第二天即可接种卡介苗。接种后，可获得抗结核菌的一定免疫能力。卡介苗接种一般在左上臂膊三角肌处皮内注射，也有在皮肤上进行划痕接种，做“艹”字或“#”字形，长一厘米。划痕接种法虽然方便，但接种量不准，有效免疫力不如皮内注射法。因此现在一般不采用划痕法。
新生儿接种卡介苗后无特殊情况一般不会引起发热等全身性反应。接种后2~8周，局部出现红肿硬结，逐渐形成小脓疮，以后自行消退。有的脓疮穿破，形成浅表溃疡，直径不超过0.5厘米，然后结痂，痂皮脱落后，局部可留下永久性疤痕，俗称卡疤。为了判断卡介苗接种是否成功，一般在接种后8~14周，应到所属地区结核病防治机构再作结核菌素(OT)试验，局部出现红肿0.5~1.0厘米为正常，如果超过1.5厘米，需排除结核菌自然感染。一般新生儿接种卡介苗后，2-3月就可以产生有放免疫力，大约3~5年后，或在小学一年级时，再做OT试验，如呈阴性，可再接种卡介茵一次。早产儿、难产儿及有明显先天畸形、皮肤病等病症的新生儿，禁忌接种。
乙型肝炎在世界各地发病率之高令人咋舌。我国研制出乙肝疫苗，没有传染性，对乙肝病毒具有很好的免疫性能，免疫接种已在新生儿中广泛应用。整个免疫注射要打三针。第一针由产科婴儿室医护人员注射，宝宝出生后24小时内，在上臂三角肌处注射，剂量10微克。第二针在出生后一个月注射，剂量15微克。第三针在出生后六个月注射，剂量为5微克。全部免疫疗程后，有效率可达90%-95%。宝宝接种疫苗后，可获得免疫力达3-5年之久。
免疫疫苗接种过程简单一般不会有什么反应。个别婴幼儿可能出现低热，有的在接种部位出现小块的红晕和硬结，一般不用处理，1-2天会自行消失。
了解宝宝的免疫知识对于宝宝应当在什么时候再打防疫针，做父母的可以心中有数，一般说来，医院给宝宝的健康卡上会介绍相关知识，如果没有健康卡的，一定要到当地儿童防疫部门多问一问，了解相关知识，为宝宝做好各种健康防疫接种，防患于未然。