时隔四年,NOG数据库更新啦!
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发布时间：2024-09-27 18:13
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时间：2024-09-27 19:09
EggNOG数据库，专为直系同源蛋白分组比对提供服务，由EMBL机构创建并持续维护，它扩展了NCBI的COG数据库，增添了对真核、原核和病毒蛋白的分类信息。最新版本EggNOG 5.0的发布，带来了显著的数据增量。尽管主页上的部分功能尚未完全整合，用户仍可下载蛋白序列数据，如9天前更新的e5.proteomes.faa和e5.viruses.faa，用于本地注释分析，如通过Diamond或Blast。
新版本的一个重要变化是，它采用NCBI Taxid替代物种名称缩写，以提升分类的规范性。例如，对应的下载链接已提供。为了进行注释，用户需要蛋白序列ID与NOG group的对应信息，这些信息在members.tsv文件中，例如bacteria的2_members.tsv，它包含了Taxid、NOG group、序列和物种信息。
在下载并配置好Diamond数据库后，用户可以开始在本地进行NOG注释。尽管新版本5.0尚在完善中，但这并不妨碍其在生信分析中的应用。对于更详细的生信技巧和更新，可关注“微生态与微进化”公众号。
