生物PCR引物设计 5‘端富集GC 3’端少GC而且以T结尾 这样对吗 谢谢?
发布网友
发布时间：2024-10-23 16:07
共3个回答
热心网友
时间：2024-10-23 23:16
这样还不错。5‘段增加稳定性，3’端最好不要有太多的GC，一般来说，最后5个碱基里不要出现超过2-3个G或者C。因为3‘端是扩增的关键，一旦出现3’端的错配或者二聚体，因为GC配对是较为牢固的，是难以解开的。就可能会造成非特异扩展。
但是我建议最后一个如果可以的话以G、C结尾。
其实以我的经验，设计引物的那些原则可以不要太讲究，毕竟能跑出来才是硬道理。跑得漂亮自然更好。对于有些复杂区域，本来就很难设计引物，勉强也在所难免。追问引物除了5端添加特异酶切位点类似的修饰以外，其他区域都要严格与模板相同或反向互补吗？
追答恩，最好是这样的。当然你说这个5端也很难划分具体有多长。因为还要看引物总长是多少。
建议中间和3端是不要有人为修改的。
热心网友
时间：2024-10-23 23:16
对的，这样设计结合率高，PCR容易成功。但不一定非得按这个来，因为同时还得考虑其他因素，如错配，发卡结构，假阳性等，综合考虑选最优的。
热心网友
时间：2024-10-23 23:17
最好以T结尾 不是一定 选打分高的。。。
