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①猫叫综合征是染色体结构变异形成的,与同源染色体的联会没有关系,①错误;
②线粒体DNA属于细胞质遗传物质,与同源染色体的联会没有关系,②错误;
③三倍体西瓜植株的高度不育是由于联会发生紊乱,不能或很难形成正常配子所导致的,③正确;
④等位基因位于同源染色体上,在配子形成时,这对同源染色体发生联会,MI后期时又发生分离,自交后代才会出现3:1的性状分离比,与联会有关,④正确;
⑤卵裂时进行的是有丝,个别细胞染色体异常分离,可使某些体细胞染色体数目异常,与联会无关,⑤错误.
故选:C.